Sulla piazza principale di Civitavecchia, appena prima di prendere Corso Marconi in direzione Tarquinia, sorge la chiesa Cattedrale dedicata a San Francesco d'Assisi, costruita nel luogo dove già esisteva un'altra piccola chiesa che i padri conventuali francescani avevano potuto edificare per concessione del Pontefice Paolo V, nel 1610. Dopo più di un secolo da tale data, la città andava allargandosi e la sua popolazione era in continuo aumento; la chiesa era divenuta, quindi, troppo piccola ed il bisogno di un più vasto tempio si faceva sempre più sentire tra il popolo. Un fatto nuovo venne ad avvalorare i progetti che già si andavano formulando in tal senso:
nell'anno 1769, infatti, salì alla cattedra Pontificia il Cardinale Lorenzo Ganganelli che prese il nome di Clemente XIV; questi veniva dalla famiglia religiosa degli stessi padri conventuali francescani, i quali, animati da ciò, avanzarono domanda al Pontefice affinché si degnasse di venire incontro ai giusti desideri della popolazione che, dato il suo sviluppo, sentiva sempre più il bisogno di una chiesa di maggiori dimensioni. Il Santo Padre, considerando essere utile al suo governo l'interesse della nostra città, accordò i sussidi ed inviò a dirigere i lavori del nuovo tempio l'allora nominato architetto Francesco Navona.
Sorse così la nuova chiesa che doveva essere poi la Cattedrale per la sede vescovile.
Essa si presenta con le sue eleganti e solide strutture che documentano una singolare perizia tecnica; dalla porta principale scende e si allarga una comoda gradinata che si stende a ventaglio per tutta la facciata. Sul piano superiore , su cui posa il timpano, essa è ornata da due grandi statue rappresentanti San Francesco d'Assisi e Sant'Antonio da Padova.
Entrando, il tempio si presenta di bellissima forma, alto, lungo, ad una sola navata, guarnito ai lati da simmetriche cappelle incavate nello sfondo, intercalate da pilastri che con le loro basi e ricchi capitelli, sembrano reggere la maestosa volta reale che copre tutto l'ambiente.
Un arco trionfale divide l'ampio presbiterio dove sorge il grande altare in bellissimi marmi. Due colonne di grosso diametro, distaccate dal muro dell'abside, s'innalzano da terra maestosamente sorreggendo il bellissimo timpano su cui poggiano le statue della Giustizia e della Speranza, e sotto il quale, in una ricca cornice di stucco dorato, è il quadro dipinto a fresco da Antonio Nessi rappresentante San Francesco che nella Verna riceve le sacre Stimmate.
I quadri nelle cappelle non sono di grande valore, tranne quello della cappella di mezzo, a destra di chi entra, che è di grande pregio: esso rappresenta la Natività di Nostro Signore; si attribuisce alla scuola di Domenico Zampieri, detto il Domenichino.
Importanza storica hanno anche le campane della torre per essere state costruite col metallo di due cannoni regalati appositamente dal Pontefice.
Essendo sorta, dopo alcuni anni, la necessità di una Sede Vescovile e conseguentemente di una Chiesa Cattedrale, ed essendo il tempio di San Francesco il più grande ed il più adatto della città, per convenzione interceduta tra Municipio ed i frati francescani, questi, ebbero la chiesa ed il convento, che tuttora possiedono in Piazza degli Eroi, cedendo al comune, il quale se ne riservava il "jus patronato", la nuova chiesa con l'annesso convento da servire parte per Episcopio e parte per Seminario.
Così, nell'anno 1805, la Chiesa di San Francesco divenne la Cattedrale della Diocesi di Civitavecchia.

LA CHIESA DELL'ORAZIONE E MORTE

Questa piccola chiesa, rimarchevole per la sua bella costruzione a croce greca, dalle linee architettoniche semplici ed eleganti, è stata costruita nell'anno 1685.
Vi prese sede l'antica venerabile confraternita della Morte, benemerita istituzione esistente sin dalla seconda metà del 1500, e che tuttora ne è in possesso.
La chiesa fu restaurata quasi completamente nell'anno 1702: essa è di forma rotonda ed è sormontata da una cupola ellittica ; ha tre altari, il maggiore dei quali si trova di contro alla porta d'ingresso, e gli altri due, situati entro ben ornate cappelle, sono posti lateralmente l'uno di prospetto all'altro. Quattro porte simmetriche sono all'intorno e conducono rispettivamente alla cappella del Santissimo Sacramento, all'Oratorio, in Sacrestia ed al Guardaroba.
Sono da ammirare i pregevoli affreschi del celebre Cavaliere Giuseppe Errante di Trapani che decorano l'interno della cupola e due statue, scolpite in legno, rappresentanti Gesù Crocifisso e Gesù Risorto.

LA CHIESA DELLA VERGINE DELLE GRAZIE O DELLA STELLA

Si trova in Piazza Leandra ed è forse una delle più antiche chiese di Civitavecchia. Costituisce la sede dell'Arciconfraternita del Gonfalone.
La compagnia del Gonfalone ha avuto inizio in Civitavecchia nel 1274: una costante tradizione ci dice infatti che San Bonaventura, dovendo recarsi nel Concilio Generale di Lione, nel 1274, per incarico del Papa, ebbe a passare in questa nostra città; in questa occasione fu ardentemente sollecitato da molti devoti di iscriverli alla pia Unione dei Raccomandati alla Santissima Vergine, fondata in Roma nel 1263 dallo stesso Bonaventura. L'istituzione prese poi il nome di Compagnia del Gonfalone, poiché durante le lotte, sollevazioni e turbolenze che si svolsero in Roma, nel 1354, i confratri Raccomandati, accorrendo ove era più feroce la mischia, riuscirono a far cessare le stragi ed a riportare la calma, col nome della Vergine Maria e col dimostrare che la Santa Croce doveva essere l'emblema, la bandiera ed il gonfalone di pace e di ogni giustizia.
I confratri, desiderando crearsi una propria chiesa ed un proprio oratorio, richiesero ed ottennero nel 1688, dall'Ordinario di Civitavecchia Brancacci, la chiesa della Stella, che, a loro spese, ingrandirono, abbellirono e dotarono di ricche sacre suppellettili.
Nell'interno della chiesa è notevole, oltre preziose suppellettili, una statua di legno della Vergine.

LA CHIESA DEI SANTISSIMI MARTIRI GIAPPONESI
Si trova in fondo al Viale della Vittoria.
Costruita nel 1864 sul Largo San Francesco di Assisi, è dedicata a San Pierbattistae i suoi 25 compagni martirizzati a Nagasaki il 5 febbraio 1597.
La chiesa completamente ristrutturata dopo la guerra, fu notevolmente abbellita dagli affreschi del celebre pittore giapponese Lucas Hasegawa.

ALTRE CHIESE

Nel territorio vi erano varie chiese ed eremi, ora abbandonati ed in gran parte distrutti.
Meritano di essere citati:
La chiesa di San Giovanni
Era presso le Terme di Traiano ed esisteva già ai tempi di San Gregorio Magno (anno 600), come con sicurezza è comprovato da uno scritto prezioso lasciato da quel Santo, col quale ci fa sapere che, ai suoi tempi, le Terme erano abitate e che vi era anche una chiesa dedicata a San Giovanni e che quel territorio apparteneva a Centocelle.
Della chiesa, lunga circa 23 metri e larga 20 metri, non rimangono che pochi resti delle mura perimetrali; è superstite però il grazioso e piccolo campanile in stile romanico.
L'eremo della trinità
Si trova in una pittoresca località, sul mare, presso la Torre di Bertoldo, detta anche di Sant'Agostino; fu fondato dagli agostiniani. Oggi è completamente distrutto, ma nel secolo XV esisteva ancora.
Secondo la tradizione, in quell'Eremo soggiornò per qualche tempo Sant'Agostino che proprio lì avrebbe avuto la miracolosa risposta sul mistero della Santissima Trinità.