Civitavecchia è, oggi, il risultato di un millenario processo di civilizzazione ed urbanizzazione del territorio Laziale, un territorio di cui, proprio nella zona dove ora sorge questa città (sita a soli 70 km da Roma), si trovano sovrapposti ed accumulati, attraverso varie epoche, significativi elementi che confermano la presenza e lo sviluppo di organizzazioni sociali addirittura sin dall'età Preistorica.
Numerose sono, infatti, le tracce di insediamenti primitivi che, ad esempio, sono presenti sul litorale Civitavecchiese; come altrettanto numerose ed importanti sono tutte quelle strutture, Etrusche, Romane, Medievali, che hanno reso la città un centro urbano di tale importanza da assumere, sin dai tempi dell'antica Urbe, l'appellativo di Porto di Roma.
Civitavecchia è l'erede della romana Centumcellae, costruita per volere di Traiano negli anni 107-108 d.C., nello stesso territorio di Aquae Tauri, unitamente al porto.
La città ed il porto nascevano in simbiosi, l'una connessa all'altro, anche perché lo scopo principale di questa grandiosa iniziativa di Traiano, era quello di dotare Roma di attrezzature portuali sussidiarie rispetto a quelle già ampliate, dallo stesso Traiano, alla foce del Tevere.
Di fatto, nel porto di Centumcellae, cominciarono a rifornirsi, in numero sempre maggiore, le navi con rotta verso l'occidente. La città si sviluppò rapidamente, a danno dei due centri romani della zona:il municipio di tradizione etrusca di Aquae Tauri e la colonia marittima di Castrum Novum.
A completamento dell'opera di sistemazione dell'area urbana di Centumcellae vennero costruite le Terme, a circa 1 km. di distanza in linea d'aria dalla piccola città di Aquae Tauri presso il colle della Ficoncella; nelle località termali, notevolissima fu, in età imperiale, l'affluenza di frequentatori.
Centumcellae conobbe il periodo di massimo splendore in età imperiale; nel 314 d.C. diventa sede vescovile, fino ad arrivare al periodo compreso tra il 537 ed il 538 d.C., periodo in cui la città viene occupata dai Bizantini, dopo i quali, nell'VIII sec., passò sotto il più mite governo dei papi. Devastata dai Saraceni nell'814 e a più riprese in anni successivii, fu così trasformata in una base per le operazioni belliche contro Roma.
A questo punto, Leone IV aiutò i profughi della città a costruire un nuovo abitato sulle montagne vicine che avrebbe dovuto prendere il nome di Leopoli in onore del pontefice , ma che in realtà perpetuò il nome di Centumcellae recato con se dal suo vescovo che impersonava il potere politico, militare e religioso della città.
Il nome con il tempo si mutò in Centumcelle poi in Centocelle e quindi in Cencelle .
Sulle rovine dell'antica città portuale intorno al 1000 si venne ricostituendo un abitato attorno ad una Rocca che prese il nome di Civitavetula o Civitaveccla.
Il presunto ritorno dell'889 voluto da un'immaginario vecchio marinaio di nome Leandro è una favola inventata alla fine dell'800.
Le lettere O.C. che compaiono nello stemma cittadino non significano ottimo consiglio come vorrebbe la favola, bensì sono le iniziali del motto Ordo Centumcellensis,a ricordo delle origini romane della città marinara, se non il motto Orbis Centumcellensis che compare in un Homelia di San Gregorio Magno. Inizialmente la novella città di Civitavecclla fu dominata dai conti di Civita Castellana, dal monastero di Farfa, e soprattutto, a partire dal 1167, dai prefetti di Vico a cui rimase soggetta fino al 1432, anno in cui,pur con una propria costituzione cittadina, divenne parte dello Stato Pontificio.
I Papi persero temporaneamente Civitavecchia durante la dominazione francese (1798-1815) , la persero definitivamente il 16 Settembre 1870.
Purtroppo, durante il secondo conflitto bellico, gran parte dei monumenti civitavecchiesi ha subito gravissimi danni; la città è infatti ora priva di alcuni tra i suoi numerosi antichi edifici monumentali; tra questi, anche l'imponente Forte Michelangelo fu semidistrutto e ricostruito a partire dai tardi anni 50.
L'ingresso di Civitavecchia nello Stato Pontificio indusse i pontefici a riattivarne il porto e le difese murarie.
Si conservano negli Uffizi i fogli con i quali l'architetto Antonio da Sangallo il Giovane tracciò le prove per il nuovo recinto urbano; al seguito della visita papale del 1515 si recò nella città anche Leonardo da Vinci al fine di trarre dei disegni dagli edifici e dei materiali archeologici allora esistenti,prima che fossero distrutti per la costruzione delle mura.
La grande impresa , concepita per proteggere il porto da terra, fu destinata a proseguire anche dopo la morte di Sangallo, fino alla metà del secolo.
Nel 1535 Michelangelo aveva portato a termine la costruzione della rocca e dell'enorme mastio ottagonale, ornato dello stemma del Pontefice Paolo III Farnese.
Nel XVII sec. Civitavecchia aveva quindi riguadagnato il suo ruolo come porto di Roma, tuttavia l'interesse rivolto alle strutture nello specchio di mare antistante non era ancora accompagnato da un eguale interesse per l'abbellimento dell'abitato; in tale periodo si ritiene che l'insieme degli edifici civili, posto ordinatamente su poche linee parallele, fosse un insieme di abitazioni di pescatori e militari, una sorta di guarnigione distaccata da Roma come era stato in età Traianea.
Il sec. XVII vide per la prima volta, accanto alla continua manutenzione del porto, un reale interessamento per l'urbanistica della città retrostante; durante il lungo pontificato di UrbanoVIII, minacciato da nuove incursioni dal mare, sorse (1634) il muro di cinta merlato che tuttora sbarra la vista del porto sull'attuale calata Pier Tommaso, mentre alla metà del secolo risale la costruzione della chiesa di S. Francesco, affacciata sull'attuale piazza Vittorio Emanuele II.
Nel 1659 Alessandro VII decretava la creazione di un arsenale militare che fu commissionato a Gian Lorenzo Bernini, del quale si conservano alcuni progetti.
Nel 1776 veniva costruita la zona del Quartierone per le guarnigioni pontificie stanziate nella città.
Alcuni degli edifici monumentali tuttora superstiti vennero eretti tra la fine del seicento e la metà del secolo successivo: ricordiamo la chiesa di Santa Maria Dell'Orazione e Morte, di elegante forma ellittica, con la cupola affrescata nel 1788 da Giuseppe Errante; degna di nota è l'ammirevole fontana, addossata alla muraglia merlata di UrbanoVIII, opera del Vanvitelli; settecentesco è l'edificio che ospita il museo in Largo Plebiscito.
Tutti questi monumenti si possono oggi ammirare a Civitavecchia, ed altri ancora se ne sarebbero potuti ammirare se le distruzioni, avvenute durante i due grandi conflitti bellici, non avessero toccato la città.